突然暴发的新型冠状病毒肺炎疫情，使得全球的目光都看向了病毒的源头所在地，科研人员正在抓紧每一分每一秒去追踪它究竟来自何处，然而直至现在答案依旧模糊不清难以捉摸，各个方面得出的研究结论不尽相同，存在着差异。
病毒基因组测序与初步确认
多家中国科研团队，于2020年1月，对引发疫情的病原体展开紧急测序，他们经比对冠状病毒保守基因序列，确认这是新型冠状病毒，世界卫生组织随后将其正式定名为SARS-CoV-2，此鉴定乃后续所有溯源研究的根基。
几乎同一时间，病毒完整基因序列被快速公开了，以供全球科学家进行分析，基因数据表明，这种新型病毒与已知的冠状病毒家族成员有着明显区别，不过又存在一定的关联，这引发了对其进化路径的广泛讨论。
与蝙蝠冠状病毒的高度相似性
疫情初期，中国科学院武汉病毒研究所的研究人员发布了一项关键发现，新病毒的基因组，与之前在云南中华菊头蝠体内检测到的一种蝙蝠冠状病毒，也就是代号为RaTG13的病毒，有着极高的相似性，序列一致性为96.2%，指出了这些观点。
由此一体现出的高度相类性有力作出了相当程度的提示，蝙蝠极有可能是SARS-CoV-2的天然宿主或者说承载着原始病毒的主体。回溯往昔，已然被确凿证明的是，蝙蝠身为一众各式各样的冠状病毒在自然状态下的存储之地，其中涵盖了2003年涌现的SARS病毒。
中间宿主的可能性探讨
病毒从蝙蝠直接传染给人类，这种情况是较为罕见的，一般需要一个“跳板”。以生物信息学分析为基础，北京大学的一个研究团队提出，水貂等哺乳动物有可能是潜在的中间宿主。此种推测源自于对病毒刺突蛋白与这些动物细胞受体结合能力的分析。
然而，这只不过是计算机以模拟方式得出的预测得来的结果。要去证实某一动物是作为中间宿主存在的情况，必须得在该动物的身体里面分离出和人类病毒有着高度同源特点的处于存活状态的病毒，并且还需要获得来自流行病学调查方面的支持才行。
华南海鲜市场的环境样本证据
中国疾病预防控制中心那儿的科学家们，于疫情早期极具关键意义的典型场所，也就是武汉华南海鲜市场，展开了环境采样的行动。在2020年1月26日对外公布的那份报告当中，于585份环境样本里面检测发现了33份含有新型冠状病毒核酸。
这一发现证实，病毒曾在该市场那已然存在的环境里广泛地存在着，这暗示着疫情有可能与在此地进行交易的野生动物存在关联。然而，核酸呈现阳性并不等同于就找到了源头，并且也没办法确定到底是哪一种动物把病毒带入了市场。
科学推测与未解之谜
多基因证据支持蝙蝠来源一说，可是科学界不少人认为，蝙蝠冠状病毒朝着SARS-CoV-2的演变中，可能有未被发现的进化环节或者中间宿主存在。96.2%的基因差异，在进化层面意味着一段漫长的演变过程。
所以，病毒或许是于某个充当中间宿主的种群里，历经了关键的适应性方面的变异之后，才获取到了能够高效感染人类的能力。找寻到这个所谓“缺失的环节”，乃是溯源研究的核心目标当中的一个。
溯源工作的长期性与重要性
要判别病毒的起源，这是一项极为繁杂的科学工作，它得依靠病毒学，又得借助流行病学，还得运用生物信息学等多个学科共同协作，而且有可能要在全球范畴之内实施调查呢。这样的进程常常会耗费数年时间，就好像对SARS以及MERS病毒的溯源情况是一样的了。
这项工作，对理解本次疫情的暴发机制是有帮助的，它还能为未来防止类似人兽共患疾病，提供关键知识，像加强对野生动物携带病毒的监测，规范野生动物贸易管理等。
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